1.办公室：组织有关重要会议；起草和审核有关文件、报告及管理制度；管理审计经费和固定资产；负责机关文电处理、保密、车辆管理、档案管理、接待、安全保卫、生活后勤保障等工作。

2.人教处：负责局机关的机构编制、人事人才工作；负责协管辖市、区审计局负责人的有关工作；负责全市审计干部教育培训工作；负责局机关老干部工作。
3.机关党总支：负责局机关的党群工作（目前与人事教育处合署办公）。
4.法制综合处：参与财经法规研究，草拟地方性审计法规和规章，收集和整理财经法规，组织实施审计普法教育；负责审计复核，办理审计听证、审计复议和行政诉讼事项；检查审计执法情况，监督社会审计组织的审计业务质量；指导下级审计机关的法制工作。编制全市审计工作计划和本局审计工作计划，划分审计范围，协调审计业务事项，检查计划执行情况；负责全市审计调研、审计宣传、审计信息、审计统计工作，分析审计成果，建立审计对象和审计成果台账；负责全市审计业务质量管理和审计业务综合考核工作。

5.财政金融审计处：拟定市级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计市财政局组织预算执行情况，市金库办理预算资金的收纳拨付情况；受省审计厅委托负责审计市地税局系统的税收征管情况和财政财务收支情况；负责审计本市所辖市、区人民政府预算执行情况和决算；负责审计市财政局及其所属单位的财政财务收支情况；负责审计市属金融机构及所属企事业单位的资产、负债、损益情况；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；根据审计署的安排，组织全市审计机关审计中央在常州的金融机构的资产、负债、损益情况；开展财政金融专项审计及审计调查；指导下级审计机关的财政金融审计业务。

6.行政事业审计处：负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大机关、市政协机关、市级司法机关、政党组织、社会团体的财政财务收支；负责审计市政府有关部门及其所属企事业单位的财政财务收支；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；根据省审计厅的安排，开展全市工商、质量技术监督等部门财政财务收支审计；组织行政事业专项审计和审计调查；指导下级审计机关行政事业审计业务。

7.经贸审计处：负责审计市政府有关部门及其直属机构的财政财务收支；负责审计市政府授权的国有资产经营公司、国有资产管理公司、控股公司、集团公司资产、负债、损益情况；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；组织经贸专项审计和审计调查；指导下级审计机关经贸审计业务。

8.社会保障审计处：负责审计市政府有关部门及其所属企事业单位的财政财务收支和资金使用效益；负责审计市级人民政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；开展社会保障专项审计和审计调查；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；指导下级审计机关社会保障审计业务。

9.固定资产投资审计处：负责管理、协调、监督市级国家建设项目的审计业务，负责审计市政府有关部门及其所属企事业单位的财政财务收支；对市属施工企业和房地产开发企业的资产、负债和损益情况进行审计监督；组织固定资产投资专项审计和审计调查；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；指导下级审计机关的固定资产投资审计业务。

10.农业与水利、环保审计处：负责审计市政府有关部门及其所属企事业单位的财政财务收支和资金使用效益；负责审计市级人民政府管理的农业与水利、环保资金的筹集、管理、使用情况；开展农业与水利、环保审计和审计调查；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；指导下级审计机关农业与水利、环保审计业务。

11.外资审计处：负责市本级中外合资、合作企业和境外企业审计；负责审计国际组织和外国政府对我市提供的贷款、援助和赠款项目的财政收支；提供世界银行和亚洲开发银行援贷款项目的审计公证报告；开展外资运用专项审计和审计调查；开展经济责任审计；协助开展经济案件审计；指导下级审计机关外资运用审计业务。

12.经济责任审计与内部审计指导处：负责并协调党政领导干部和企业领导人员的任期经济责任审计工作；指导全市党政领导干部、企业领导人员任期经济责任审计和经济案件审计业务；负责并协调市委、市政府交办的经济案件审计工作；对全市内部审计工作进行指导、监督；指导下级审计机关经济责任审计、经济案件审计和内部审计管理工作。

13.计算机审计处：负责并指导被审计单位的会计电算化软件审计；负责全市审计机关计算机辅助审计系统、审计管理系统、办公自动化系统的规划与管理；组织全市审计机关计算机审计软件的培训、推广和运用；承担市审计机关计算机审计方面的其它工作；指导下级审计机关的计算机审计工作。
14.审计业务监督处：负责审计业务的全程质量监督，促进审计执法行为规范；监督审计决定的执行，促进审计建议的落实和整改；监督审计纪律的执行，维护审计形象；开展对中介机构和参加审计中介人员的审计质量监督；配合监察室对国家审计人员违纪事项或行为进行查处，配合法制综合处对中介机构及参与审计人员违纪问题进行查处等。

15.按有关规定设置纪检监察机构。